Numerosos humedales dependen parcial o totalmente de las aguas subterráneas, así como de la orla de vegetación que los rodea. Ello es tanto más cierto cuanto más árido es el clima. Incluso parte de los aportes más o menos permanentes de agua superficial son agua subterránea en origen. Por lo tanto, la existencia, fluctuación y calidad mineral del agua de esos humedales depende de esas aguas subterráneas, a veces de forma muy específica. La explotación del agua subterránea de los acuíferos en relación con los humedales supone una interferencia que, con frecuencia, se manifiesta con retraso de años o de décadas, y que se extiende un largo tiempo tras el cese de las extracciones. La planificación hidrológica debe considerar esas interferencias, hacerlas compatibles y, si es posible, complementarias, dentro del respeto razonable a los valores naturales. Para establecer las relaciones entre los humedales y las aguas subterráneas, además de las redes de observación generales, hacen falta redes específicas diseñadas para captar las variables que tienen una influencia determinante. Esas redes deben considerar el carácter tridimensional del flujo del agua subterránea en las proximidades del humedal. Lo mismo vale para los estudios que se deben realizar y su detalle. En cualquier caso, se requiere un modelo conceptual de funcionamiento bien contrastado con ayuda de métodos hidrodinámicos, hidrogeoquímicos e isotópicos ambientales. Para la planificación y gestión pueden hacer falta modelos numéricos de flujo y transporte de masa, pero, en muchos casos, con cálculos sencillos se puede llegar a una buena aproximación cuantitativa en tanto no se realicen caracterizaciones más detalladas.