Para la implementación de la Directiva Marco del Agua (DMA, Directiva 2000/60/CE) es necesario establecer un protocolo estandarizado de muestreo y análisis que sirve para la evaluación de la calidad biológica mediante la fauna bentónica. En este trabajo se ha llevado a cabo un estudio comparativo de diversos protocolos de macroinvertebrados que se utilizan en España y en Europa (AQEM, EPA, Gudalmed). Valorando los tres protocolos con una lista de 12 criterios, el protocolo Guadalmed se adecuan mejor a la mayoría de ellos, por lo que aparece como una herramienta eficaz en la determinación del estado ecológico