Este trabajo se centra en el desarrollo de un análisis integral empleando monitoreos ambientales en las cuencas andinas específicamente en la cuenca del Titicaca y Jequetepeque situada en el departamento de Puno y Cajamarca Peru respectivamente, consiste en la aplicación asociada de los resultados de Monitoreos de agua, sedimento y calidad ecológica mediante el protocolo CERA que incluye el análisis cualitativo de macroinvertebrados. El objetivo del estudio es analizar de manera eficaz y sencilla monitoreos ambientales y comparar estos valores entre ambas cuencas. La integración de las diferentes líneas se realizó por análisis factorial empleando una herramienta de software Estadístico, que establecerá y cuantificará las correlaciones entre las variables en el conjunto de datos con el fin de reducir componentes para una fácil interpretación de datos. Los resultados revelaron diversas agrupaciones y comportamientos similares entre agua sedimento y 4 Índices CERA, determinando que existen en ambas cuencas mayor presencia de metales entre ellos Arsénico, Plomo y Zinc en casi todos los puntos de monitoreo, ya sea de valor mayor y/o menor presencia, indicando vigilancia en puntos que muestran significancia y riesgo a la vida acuática. De esta manera este estudio a través de esta técnica permitió la identificación de sustancias químicas de preocupación y el establecimiento de la gama de efectos correlativamente a una concentración de contaminantes para cada zona y subcuenca de estudio.