La competitividad y excelencia dependen en gran medida de la capacidad de las regiones para generar, innovar y transferir conocimiento. En una sociedad donde estos valores están adquiriendo cada vez más importancia, las universidades, como motores indiscutibles para el desarrollo regional que son, se ven obligadas a ampliar sus objetivos tradicionales (docencia e investigación) mediante la introducción de la denominada “tercera misión”. Ciertamente, la universidad contemporánea está sometida a un proceso de reestructuración, teniendo que adaptar sus estructuras y estrategias para incorporar estas nuevas demandas. En un contexto en el que se divisa una función objetivo de las universidades con múltiples inputs y outputs, resulta interesante preguntarse si las universidades están realmente alineando sus capacidades y recursos internos de forma eficiente, así como si las características del entorno son un factor determinante. Con el objetivo de obtener una imagen más completa sobre cómo la universidad pública española está asumiendo e implementando estos objetivos de forma simultánea, en este artículo se propone analizar la función objetivo de las universidades desde una perspectiva multidimensional. Para ello, se dispone de los datos del sistema universitario público español durante el período 2008-2009. En primer lugar y mediante la técnica del análisis envolvente de datos (DEA) se examina la eficiencia de las universidades públicas españolas partiendo de una función objetivo con outputs de docencia, investigación y transferencia tecnológica. Posteriormente, se evalúa si estos resultados se ven afectados por las condiciones socioeconómicas de la región donde están ubicadas. Conscientes de que eficiencia y productividad son dos términos muy próximos, en una tercera etapa se analiza su relación. Finalmente se analizan aquellas características estructurales de la propia universidad que ayudan a explicar las diferencias entre los niveles de eficiencia.