Los sistemas naturales de tratamiento de aguas residuales basados en la simbiosis entre microalgas y bacterias son una alternativa sustentable atractiva principalmente si se integran en la producción de biocombustibles. En el proceso de producción de biocombustibles, e el que la separación o cosecha de microalgas es uno de los pasos claves que implica también los altos costos del sistema. El objetivo de este estudio fue el de evaluar el efecto de un coagulante orgánico de bajo costo (almidón de papa) en la separación de biomasa algal y sucesivamente en la producción de biogás de la biomasa separada. En el estudio se realizaron una serie de pruebas experimentales (jar test) para determinar la dosis optima de almidón de papa, logrando una recuperación de hasta el 96 % de biomasa. Para observar el efecto del coagulante en la producción de biogás se realizaron las pruebas de potencial bioquímico de metano en muestras de biomasa algal con las dos dosis optimes de almidón. Los resultados de esta prueba muestran claramente el efecto positivo que se produce al adicionar coagulante., las muestras adicionadas con 10 mg/L de almidón aumentaron su producción de biogás en un 7,7 %. En las muestras con 25 mg/L de almidón se obtuvo un incremento mayor de producción de biogás alcanzando 14,7 % mas, en comparación con las muestras patrón que no se les adiciono almidón.