El presente trabajo identifica los problemas y analiza los conflictos que se plantean en la evaluación de los proyectos de investigación que involucran la obtención y el uso de células madre humanas de pluripotencia inducida (iPS) en España. La regulación actual conlleva problemas de interpretación, remisiones normativas innecesarias, inseguridad y dilaciones indebidas. Una situación que puede revertir en un inadecuado control y seguimiento e, incluso, cierta parálisis de la investigación en medicina regenerativa y terapia celular, por la que hoy, no obstante, se apuesta. El análisis de la normativa vigente y de la reflexión bioética que la acompaña, permite concluir que la evaluación de la investigación con iPS no puede ser asimilada a la investigación con células madre embrionarias humanas (hESC). En este contexto, se propone que los correspondientes Comités de Ética de la Investigación evalúen la investigación con células iPS y que sea la Comisión de Garantías para la Donación y Utilización de Células y Tejidos Humanos quien revise tal evaluación. Asimismo, se hace necesaria una efectiva articulación del Registro de Proyectos de Investigación para que sea accesible. Finalmente, se propone un modelo de Protocolo de verificación o checklist para la revisión de proyectos de investigación biomédica que involucren células madre iPS.