Um dos problemas que apresenta o registro de electroencefalogramas (EEG) está relacionado com a referência usada durante a aquisição dos dados. O presente artigo analisa o comportamento de três referências, o promédio mastoides (RPM), o promédio común (RPC) e o método de estandardização do eletrodo de referência (REST), usadas no registro de EEG num estudo farmacológico realizado com alprazolam (medicamento psicoativo). Os resultados foram analisados no dominio frequencial para avaliar a ação do fármaco e através da informação mútua cruzada para investigar a conetividade cerebral. Nenhuma das referências apresenta melhores resultados em todos os casos estudados, REST tem boa atuação nas variáveis espectrais e de conectividade enquanto que as outras duas trabalham melhor só em um dos casos.