Fundamentos: La incapacidad laboral permanente (IP) supone una importante carga social y económica. El objetivo de este estudio fue estimar la carga de enfermedad debida a la IP en España. Métodos: A partir de la Muestra Continua de Vidas Laborales (MCVL) se imputó como diagnóstico de la IP (2009-2012) el de la incapacidad temporal (IT) iniciada en 2009 en los individuos que cumplieron dos criterios: larga duración de la IT y corta duración del período entre la IT y la IP. Para los casos con diagnóstico imputado se calculó la carga de enfermedad por IP a partir de los años potenciales de vida laboral perdidos (APVLP), definidos como la diferencia entre la edad de jubilación (65 años) y la edad de inicio de la IP. Resultados: Según la MCVL, 163.135 (13,6%) personas sufrieron de IT en 2009, de las cuáles a 4.738 (0,39%) se le reconoció una IP entre 2009-2012. Se pudo establecer el diagnóstico de IP en 3.073 (64,9%) casos. Las causas más frecuentes de IP fueron los trastornos musculo-esqueléticos (27,4%) y mentales (11,6%) que, asimismo, produjeron mayor cantidad de APVLP por IP: 11.086 (26,5%) y 7.052 (16,9%), respectivamente. Los trastornos mentales destacaron por producir IP a edades más jóvenes (mediana=49 años). Conclusiones: Los trastornos mentales y los musculo-esqueléticos representaron la mayor carga de enfermedad en individuos en situación de IP.