Uno de los mayores problemas y retos para la ingeniería y gestión de los recursos hídricos y ambientales es la correcta distribución y aprovechamiento del agua y el medio ambiente, de una manera sostenible. Parte del problema es la mala distribución y administración predominantemente en Latinoamérica, donde a pesar de contar con una gran cantidad de recursos naturales, la distribución y aprovechamiento racional y responsable de ellos no se ha logrado ya sea por políticas ineficientes o por falta de herramientas que faciliten y orienten a los gobiernos o responsables locales a nivel urbano y rural. En la presente investigación se logra obtener una metodología de aplicación de un índice de gestión de cuencas rurales (GWI) basado en indicadores que miden el grado de gestión de una cuenca y región en general, dependiendo de la zona de estudio. La metodología contempla el desarrollo y aplicación de una herramienta computacional con una interface amigable que permite la visualización clara de los indicadores de desempeño y su seguimiento en el tiempo como base de planificación. En el mismo sentido, se realizó la evaluación in situ en 4 municipios dentro del departamento de Boyacá en Colombia, evidenciando en general ausencia de cultura de planificación a largo plazo y gestión de los recursos hídricos y ambientales.