Situat al Prepirineu, el conjunt d’església i Rectoria de Sant Esteve de Sisquer, s’emplaça al terme municipal de Guixers, municipi que pertany a la subcomarca històrica de La Vall de Lord. Guixers es troba al nord-est de la comarca de Solsona, al límit entre les províncies de Lleida, a la qual pertany, i de Barcelona. El nucli més proper a Sisquer és Sant Llorenç de Morunys a uns 12 km a l’Oest. L’alçada respecte el nivell del mar són 1110m.