Universitat Autònoma de Barcelona
Massoni-Badosa, R.
Iacono, G.
Moutinho, Catia
Kulis, M.
Palau, Núria
Marchese, Domenica
Rodríguez-Ubreva, Javier
Ballestar, Esteban
Rodriguez-Esteban, G.
Marsal, Sara
Aymerich, Marta
Colomer, Dolors
Campo, Elias
Julià Cano, Antonio
Martin-Subero, Jose Ignacio
Heyn, Holger
Universitat Autònoma de Barcelona
2020
Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention.
English
Single-cell; Biobank; RNA sequencing; Peripheral blood mononuclear cells; PBMC; Chronic lymphocytic leukemia; CLL; Sampling; Cryopreservation; Benchmarking
Instituto de Salud Carlos III CP14-00229
Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2017-89109-P
Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-736
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1142
European Commission 210574908
European Commission 810287
Genome biology ; Vol. 21 Núm. 1 (november 2020), p. 112
open access
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
