La malaltia de Crohn és una malaltia inflamatòria intestinal en la qual s'ha observat que la densitat i la diversitat bacteriana difereixen dels subjectes sans. En els últims anys s'estan emprant tractaments biològics com els anti-TNFα (Adalimumab) de manera alternativa a tractaments ja existents. Els resultats obtinguts després de l'anàlisi de la composició bacteriana de la mucosa intestinal de pacients amb Malaltia de Crohn tractats amb Adalimumab, són esperançadors ja que apunten a una recuperació del patró normal a través de la recuperació d'espècies pròpies de persones sanes i la desaparició d'aquelles més prevalents en malalts de Crohn.