El sistema Dublin II y la armonización de los procedimientos de asilo y del contenido de las obligaciones de acogida de los demandantes son instrumentos del Sistema Europeo Común de Asilo cuyas disfunciones pueden comportar violaciones del CEDH. Así en el caso M.S.S. contra Bélgica y Grecia, el TEDH consideró que Grecia había violado el artículo 3 CEDH por las condiciones de detención y de existencia de un demandante de asilo, y que Bélgica había violado el mismo artículo por el traslado a Grecia del demandante en aplicación del sistema Dublín II. Los dos estados fueron asimismo condenados por violación del artículo 13 por las deficiencias en sus procedimientos de asilo y de recurso ante los tribunales. Por lo que respecta al sistema Dublín II, la sentencia del TEDH convierte a la cláusula de soberanía, inicialmente insertada en el mismo como medio para la preservación de la autonomía de los Estados, en un instrumento para la garantía del respeto de los derechos humanos, cuya activación ha dejado de ser completamente discrecional o regida únicamente por el derecho interno