Anualment es declaren de vuit a nou milions de casos de tuberculosi al món, amb gairebé dos milions de morts. El 10% dels casos són resistents a algun dels fàrmacs. Diferents factors influeixen en les resistències, com el tractament previ, la immigració, i les condicions socioeconòmiques. Per determinar les resistències existeixen diferents mètodes. Els fenotípics, basats en l'antibiograma, són els més estesos i de referència, però presenten l'inconvenient de necessitar de tres a quatre setmanes per al resultat. En els darrers anys s'han comercialitzat variants basades en medis líquids, amb lectura semiautomatitzada, que escurcen el temps a una o dues setmanes. Els mètodes genotípics, basats en la detecció de mutacions responsables de resistència, es preveuen com l'alternativa potencial. Tot i que no es coneixen totes les mutacions responsables de resistència, les dels fàrmacs més importants han estat estudiades a bastament. Actualment es treballa en la implementació de tècniques per detectar directament les mutacions en les mostres. La tecnologia de PCR a temps real suposa una eina útil per a aquesta estratègia. Els reptes de futur són incrementar la sensibilitat de les tècniques de detecció directa en les mostres i establir clarament el poder de transmissió i la virulència de les soques resistents.