Universitat Autònoma de Barcelona
Altres ajuts: PEJ-2014 84 million variants. The availability of this sequence data provides the human lineage with an invaluable resource for population genomics studies, allowing the testing of molecular population genetics hypotheses and eventually the understanding of the evolutionary dynamics of genetic variation in human populations. Here we present PopHuman, a new population genomics-oriented genome browser based on JBrowse that allows the interactive visualization and retrieval of an extensive inventory of population genetics metrics. Efficient and reliable parameter estimates have been computed using a novel pipeline that faces the unique features and limitations of the 1000GP data, and include a battery of nucleotide variation measures, divergence and linkage disequilibrium parameters, as well as different tests of neutrality, estimated in non-overlapping windows along the chromosomes and in annotated genes for all 26 populations of the 1000GP. PopHuman is open and freely available at http://pophuman.uab.cat
Anglès
Ministerio de Economía y Competitividad BFU/2013-42649-P
Ministerio de Economía y Competitividad BFU/2016-77961-P
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-1346
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-866
Nucleic acids research ; Vol. 46 (October 2017), p. D1003-D1010
open access
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
