Integrative analysis of single-cell and spatial transcriptomics characterizes the tumor microenvironment in HGSOC patients

Abstract

Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2021-2022

Tutors: Eduard Porta Pardo i Mireia Olivella

El microambient tumoral té un rol clau en la iniciació i progressió del càncer d’ovari serós d’alt grau. Per aquesta raó, la seva caracterització podria incrementar el nostre coneixement de la malaltia i el desenvolupament de nous tractaments que finalment millorarien la resposta dels pacients. Presentem un nou anàlisis basat en les dades que integra transcriptòmica espacial i de cèl·lules individuals que descriu l’estructura i les interaccions entre cèl·lules canceroses i les cèl·lules que constitueixen el microambient tumoral en pacients no tractats i tractats amb quimioteràpia.

El microambiente tumoral tiene un rol clave en la iniciación y progresión del cáncer de ovario seroso de alto grado. Por esta razón, su caracterización podría incrementar nuestro conocimiento de la enfermedad y el desarrollo de nuevos tratamientos que por fin mejorarían la respuesta de los pacientes. Presentamos un análisis basados en datos que integra transcriptómica espacial y de células individuales que describen la estructura y las interacciones entre células cancerosas y las células que constituyen el microambiente tumoral en pacientes no tratados y tratados con quimioterapia

The tumor microenvironment (TME) plays a key role in the initiation and progression of High Grade Serous Ovarian Cancer. For this reason, its characterization would increase our understanding of this disease and the development of new targeted treatments, eventually improving the outcome of patients. We present a novel data-driven analysis that integrates spatial transcriptomics and single-cell data to characterize the structure and the interaction between cancer cells and the cells populating the TME in non-treated and treated patients with chemotherapy.